导致天地会軍队一出县城，离开官道，就有可能遭受伏击，让他们不敢放心大胆的去乡村征粮，只能控制官道沿线附近，极为被动。
随着嘉义县乡绅团练的慢慢壮大，甚至都有力量在县城附近活动，官道都不再安全，陈周全的兵力甚至有可能被嘉义从中断掉，从而被分割在彰化和府城两地。
中国社会就是这样，老百姓缺乏民族和国家观念，但宗族和乡土观念极强。林爽文是福建漳州人，而嘉义县的广东移民众多，所以当年他起义，嘉义县地主乡绅就反对，甚至连福建籍的泉州移民都反抗他。
现在陈周全起义，不但广東粤籍族群继续反对他，甚至之前支持林爽文的漳州人也反对他，反倒是泉州族群支持他。
这种乡土构成的特殊关系，唯台湾社会独有。台湾是一个移民社会，其中福健移民占十之七八，又以漳州和泉州移民最多，两大族群为了争地争水，没少发生大规模械斗，导致几乎是死仇，一方支持的，另一方必然反对。广东籍移民只占十之一二，处于绝对的弱势，因此往往更依赖官府，所以始终站在官府一方。
这些情况都注定，陈周全不可能得到乡村社会的共同支持，不管他怎么做，总有一方要反对，这就可以给清廷利用。
但清廷也没有将希望完全寄托到当地乡绅身上，福健省已经派遣了重兵，甚至联合广東共同出兵四万，其中八旗兵就高达八千，在起义军围困台湾府不到一个月时间，就完成了在安平港的登陆。
终于在十一月，他们发起了反击，在强大满清正规军的攻击之下，陈周全的天地会武装虽然已经膨胀到了六万人，号称三十万，但依然不是正规军的对手，对府城的包围瞬间被打退。
正面有已经登陆台湾府的清军大军，背后有活动在嘉义县的乡绅团练，台湾府天地会軍队出于进退两难之境。此时陈周全有两个选择，一个是放弃北伐，马上撤回凤山，一个是继续北上。
陈周全选择了第二条路，他选择了北上。因为相比凤山县，彰化县才是他的根据地，陈周全本人就出生在彰化，在这里他能得到最大的支持。而且最重要的是，彰化县比凤山县更繁荣，人口更多，天地会在这里根深蒂固。
于是陈周全选择了战略性退到彰化县，然后联合了彰化县的四万大军，总兵力已经达到了十万人，对外号称五十万。
可这十万人此时被围困在了彰化县。
北边的情况让凤山县的陈光辉心急如焚，陈周全姓陈，他也姓陈，陈周全是他的族叔。宗族社会，即便是天地会这种流动很广的社会组织，依然充斥着这种宗族关系。之前林爽文之所以起义，导火索就是林爽文的家人被官府逮捕，因为他一家子都是天地会分子。
陈周全现在被困在彰化县，陈光辉就想着去救援，他手里有一万士兵，就打算派遣五千前往增援。
陈光辉不但打算自己去救援，还希望能得到周琅的支持，毕竟周琅现在跟陈周全也是姻亲，他希望周琅能调手下的三百火枪兵助战，经过多次战斗，科林带领的三百步枪兵已经为人所熟知。
周琅没有答应，第一他并不想投入无休止的天地会起义中，第二周琅其实也无能为力，他很清楚，他可以说服科林帮天地会北伐，但很难让科林放弃左营直接跟着天地会去北伐。
但在周琅看来，是他命令不来科林，可在外人看来，就是周琅不想帮忙。可巧，此时一个极好的借口出现了，清军水师再次南下。
在击退了对府城的包围后，满清澎湖、台湾水师联袂南下。
这次他们的规模比上次更大，浩浩荡荡多达三百艘战船。
他们就像上次一样，仍然是先进攻北边的左营，但跟上次一样，被清洗了天地会势力，将三百个华人士兵更紧密控制的科林再次击败，付出了几百人的伤亡之后，放弃了在左营登陆，再次南下攻打打鼓港。
但是打鼓港的情况，已经跟上次不一样了，炮台得到了极大的加固，火炮数量更多，而且周琅手下的战斗力有所提升，周琅还按照菲舍尔的建议，将步兵布置在清军可能登陆的滩涂旁。
清军完全无计可施，在进行了长达四个多小时的持续炮战之后，被炮台击沉两艘战舰，损失比左营还大之后，他们跟上次一样，没有选择在更险要的打鼓港附近登陆，但也没有像上次那样直接撤离，而是继续南下。
这股清军最后进入了南方下淡水溪出海口的东港。
根据跟天地会的协议，沿海村镇都归属周琅，可周琅之前一直都没有多余兵力去扩张，周琅没来得及去攻占，天地会则没有去攻占，所以东港成了一处漏网之鱼，竟然还掌握在清军水师东港汛的手里。
清军占领东港，对周琅的威胁并不大，但是却可以顺着下淡水溪（高屏溪）北上，从凤山丘陵背后攻击凤山县城。
在这种情况下，不但周琅不可能去北伐解救陈周全，就连陈光辉都不敢北伐了。不过双方倒是可以合作，对付东港的清军，因为这股清军对双方都是一个威胁。
就在这个紧要的关头，周琅期盼已久的来自印度的援助到了。
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